Sur les plans de 1842 et 1865, l’emplacement était une Vénérie dédiée à la chasse à courre. Le collège n’existe pas encore, alors que celui de Ferdinand Bac, plus ancien, est déjà répertorié sur les cartes de l’époque. (Sources : Erhard graveur de la carte 1865, Librairie et papèterie J. Dubois de Compiègne / Lithographie Ch. Perint 1842)
Dès 1884, l’emplacement du collège face au Haras était réservé aux militaires afin qu’ils y séjournent la nuit (« lits militaires »).
Vers 1910, certains établissements voisins existent déjà, dont l’école Pierre Sauvage proche géographiquement de notre collège. L’école Hersan accueille des garçons et l’école Jeanne d’Arc accueille des filles et des classes maternelles. L’école St Germain, quant à elle accueille des garçons, des filles et des classes maternelles. (Source L. Dervilé 1910, géomètre à Compiègne)
En 1930, l’école St Lazare est répertoriée.
En 1928, la scolarisation d’un public féminin au collège historique de Compiègne (appelé lycée selon les époques) ne permet plus d’accueillir tous les élèves. Cela entraîne, dès 1941, la création d’un « collège » de jeunes filles qui portait le nom de Lycée Pierre D’Ailly « externat de jeunes filles » sur le site de notre qui est notre établissement.
Le collège possède une annexe nommée « Villa Marcot » où se déroulent désormais les cours de technologie. C’est une villa construite en 1907 par l’architecte et décorateur Henri Sauvage (figure de l’Art Déco) pour le commandant Marcot.
Le 5 mars 1970, l’établissement devient officiellement le collège Jacques Monod en hommage au biologiste et biochimiste français de l’institut de Pasteur de Paris, lauréat 1965 du prix Nobel de physiologie ou de médecine.